През Втората световна война в Бари е разположено Главното командване на американските военновъздушни сили. Различни офицери разказват, че са били спасени от отец Пио по време на въздушните операции. Дори Главнокомандващият е бил участник в една прочула се история. Един ден поисква сам да ръководи ескадрила от бомбардировачи със задача унищожаването на немски оръжеен склад, разположен в Сан Джовани Ротондо. Генералът разказва, че в околностите на целта той и неговите бойци виждат да се издига в небето образът на свещеник с вдигнати ръце. Бомбите се пускат сами върху горите, а самолетите правят завой в обратна посока, без никаква намеса от страна на пилотите или командирите. Всички се питат кой е този отец, на който са се подчинили самолетите. Някой в Главното командване споменава, че в Сан Джовани Ротондо живее един брат чудотворец, и генералът решава веднага след освобождаването на страната да отиде да провери дали е видял във въздуха същия брат. След войната генералът заедно с няколко пилоти отива в манастира на капуцините. Още щом влиза в сакристията, вижда група свещеници, между които веднага разпознава онзи, който е предизвикал забавянето на неговите самолети. Отец Пио го повиква и слагайки ръка на рамото му, казва: “Значи ти си този, който искаше да ни избие всички”. Поразен от погледа и от думите на отеца, генералът коленичва пред него. Както обикновено, отец Пио говори на беневентски диалект, но генералът остава с убеждението, че свещеникът е говорил на английски. Двамата се сприятеляват, а генералът, дотогава протестант, става католик.

Ето разказът на отец Асканио: “Очакваме отец Пио за началото на изповедта, сакристията е препълнена и всички очи са насочени към входната врата, откъдето трябва да влезе отецът. Вместо да се отвори вратата, видях неочаквано как отец Пио върви над главите на богомолците, стига до изповедалнята и се изгубва в нея. След кратко време започва да изслушва изповядващите се. Аз не казвам нищо, мисля, че не съм видял добре, но когато отидох при него, не можах да се сдържа да го попитам: “Отче Пио, как се върви над главите на хората?” Ето неговият духовит отговор: “Уверявам те, дете мое, също както по твърдия под...”