Tijdens de tweede wereldoorlog werd in Bari het algemeen Commando van de geallieerde luchtmachten opgericht. Verschillende officieren hebben bevestigd gered te zijn door Pater Pio tijdens luchtoperaties. De commandant zelf heeft getuigd van een spectaculair voorval. Inderdaad, op een dag moest hij een escadrille bommenwerpers leiden, die als missie hadden een depot met oorlogsmateriaal van het Duitse leger te vernietigen, dat zich bevond in San Giovanni Rotondo. De generaal heeft verteld dat op het moment dat ze hun doel naderden, hij en zijn manschappen aan de hemel een monnik zagen verschijnen, de handen opgeheven. De bommen werden automatisch afgeleid naar de bossen en de vliegtuigen maakten rechtsomkeer, verschillende zonder enig manoeuvre van de piloot. Iemand vertelde aan de commandant dat hij had horen vertellen van een monnik die in San Giovanni Rotondo leefde. Hij besloot om, zodra het land bevrijd zou zijn, te gaan kijken of het om dezelfde monnik ging die ze aan de hemel hadden gezien. Na de oorlog ging de generaal, vergezeld van enkele piloten, naar het convent van de kapucijnen. In de sacristie zaten verschillende monniken, waaronder ze onmiddellijk de monnik herkenden die de bommen en de vliegtuigen had laten terugkeren. Pater Pio legde een hand op de schouder van de generaal en zei: “jij bent dus diegene die ons allemaal wou doden”. Geslagen door de blik en de woorden van de priester, knielde de generaal voor hem. Vreemd detail: Pater Pio sprak in het dialect van zijn streek, maar de generaal was overtuigd dat de monnik Engels sprak. Ze werden vrienden en de generaal, die protestant was, bekeerde zich tot het katholicisme.’

Abt Ascanio vertelde: ‘ We wachtten op pater Pio die zou komen om te biechten. De sacristie was overvol en alle blikken waren gericht naar de deur. Maar, zonder dat de deur openging, zag ik Pater Pio wandelend boven zijn getrouwen. Hij begaf zich naar de biechtstoel, ging zitten en begon met het afnemen van de biecht. Ik dacht dat ik gedroomd had en sprak met geen woord over wat ik had gezien. Nochtans, later, vroeg ik aan Pater Pio: “Pater Pio, hoe doet men dat om in de lucht te wandelen?” Niet zonder humor, antwoordde hij mij: “ik verzeker je, mijn zoon, op dezelfde manier als op de grond”.