В 1908 г. произошло, как установлено, первое чудо о. Пио. В то время он жил в монастыре в Монтефуско. Однажды он собрал в лесу целый мешок каштанов для своей тётушки Дарии, живущей в Петрельчине. Она была всегда очень нежна с ним. Женщина получила каштаны. После того, как их съели, она оставила мешок на память. Как-то вечером с оливной лампой в руках она убиралась в шкафу, где её муж хранил порох для ружья. Достаточно было одной небольшой искорки от лампы, и выдвижной ящик вспыхнул огнём, обжигая лицо женщины. Стеная от боли, она взяла из комода мешок, оставшийся от каштанов о. Пио, и приложила его к лицу, чтобы хоть как-то облегчить боль. Боль немедленно исчезла, а на лице не осталось никаих следов от ожога.

Во время Второй Мировой войны хлеб в Италии был нормирован. В монастыре в Сан Джованни Ротондо обычно собиралось много гостей и бедных, которые питались с монахами. Как-то раз во время обеда монахи заметили, что в корзине лежало только около полкилограмма хлеба, не больше. После молитвы в молчании начали есть. Отец Пио тем временем закрылся в Церкви. Через несколько минут он возвратился, неся несколько буханок свежего хлеба. На вопрос настоятеля, откуда у него хлеб, о. Пио ответил, что хлеб дала ему какая-то паломница. Все промолчали, но каждый думал, что только о. Пио мог встретить в такое время «таких» паломников.

Однажды утром ризничий забыл приготовить для посвящения хостии. В чаше оставалось только несколько частичек. Закончив исповедовать, о. Пио начал причащать прибывших в тот день многочисленных верных. Хватило для всех, и ещё осталось. 

Духовная дочь о. Пио читала письмо от него, идя по обочине дороги. Ветер неожиданно вырвал письмо из её рук и понёс в поле. Письмо находилось уже достаточно далеко, когда задержалось под камнем. Так, женщина смогла его найти. На следующий день при встрече с ней о. Пио сказал: «В следующий раз остерегайся ветра. Если бы я не придержал своё письмо ногой, ему пришёл бы конец где-нибудь в долине».

Рассказ госпожи Клеониче, духовной дочери о. Пио. «Во время Второй Мировой войны мой племянник попал в плен. В течение года мы ничего о нём не знали и почти поверили, что он мёртв. Его родители страшно переживали. Его мать отправилась к о. Пио и на коленях просила его: `Умоляю, скажите мне, жив ли мой сын! Я не уйду, пока Вы мне не скажете`. Отец Пио очень сочувствовал женщине и сказал со слезами на глазах: `Встань и иди с миром!` Через несколько дней после этого, видя как мучаются родители моего племянника, я сама пошла к о. Пио, решив просить чуда. Я искренне сообщила о. Пио, что собираюсь написать письмо моему племяннику Джованнино: `На конверте я напишу только имя и фамилию, потому что мы не знаем адреса. А Вы и Ваш Ангел Хранитель передадите письмо Джованни`. Отец Пио ничего не ответил. Я написала письмо и вечером положила его на ночной столик. На следующее утро, к моему огромному удивлению, письма на столике не оказалось. Я пошла благодарить о. Пио, но он сказал мне: `Благодарите Царицу Неба`. Через 15 дней вся наша семья плакала от радости и благодарила о. Пио: пришёл ответ от племянника, которого мы считали уже мёртвым».

Во время Второй Мировой войны сын госпожи Луизы служил офицером в Королевском Британском Военно-морском флоте. Она ежедневно молилась за спасение и возвращение сына. Как-то раз в Сан Джованни Ротондо прибыл паломник из Англии и привёз с собой английские газеты. Луиза нашла в одной из них сообщение о затоплении судна, на котором служил её сын. С плачем она тут же побежала к о. Пио, который утешал её со словами: «Кто сказал тебе, что твой сын мёртв?» Отец Пио сообщил ей название и точный адрес гостиницы, где находился молодой офицер после того, как уцелел после затопления судна в Атлантике. Теперь он ждал нового назначения. Луиза немедленно отправила ему письмо и через пару недель получила от сына ответ.

Одна женщина, Паолина, из Сан Джованни Ротондо была настолько благочестива и набожна, что, по словам о. Пио «в её душе, которая покрывается румянцем во время исповеди, невозможно найти и капли греха». Т. е. она жила так, чтобы потом попасть прямо в Рай. Под конец Великого Поста Паолина серьёзно заболела. Доктора сказали, что нет  никакой надежды. Её муж и пятеро детей отправились к о. Пио за помощью. Умоляли его помочь; младшие дети, уцепившись за его хабит, плакали. Отец Пио успокаивал их, пробовал утешать и обещал молиться за них, ничего более. Перед Страстной Неделей поведение о. Пио изменилось. Всем, кто просил помочь Паолине, он твёрдо сказал: «Она воскреснет на Пасху». В Страстную Пятницу Паолина потеряла сознание, ранним утром в субботу она была уже в состоянии комы. После нескольких часов агонии умерла. Одни родственники собирались по старому местному обычаю облачить её в свадебное платье, другие в отчаянии немедленно отправились к о. Пио. Он сказал: «Воскреснет...» и пошёл служить Мессу. Во время части «Глория», когда завонили звоны в знак воскресения Христа, слова о. Пио прервались рыданиями, его глаза были наполнены слезами. В тот же самый момент Паолина ожила. Без чьей-либо помощи она встала с кровати, опустилась на колени и три раза произнесла «Верую». Потом с улыбкой поднялась с колен. Она поправилась..., а скорее – воскресла. Действительно, о. Пио не говорил «она поправится», но «она воскреснет». Когда её спрашивали, что она чувствовала, когда умирала, она, зарумянившись и стесняясь, сказала только следующее: «Я поднималась, поднималась, радостная... Когда оказалась перед необъятным светом, возвратилась назад, возвратилась вниз...».

Рассказ одной женщины. «Моя старшая дочь, рождённая в 1953 г., в полуторогодовалом возрасте была спасена отцом Пио. Утром 6 января 1955 г. мы с мужем были на Мессе. Наша дочь оставалась дома с дедушкой и дядей. По несчастливой случайности она опрокинула на себя котёл с горячей водой. Получила ожоги живота и ягодиц третьей степени. Мы сразу же попросили помощи у о. Пио. Доктор рекомендовал немедленно забрать дочь в больницу, поскольку она могла умереть от ожогов. По этой причине он не дал ей никаких лекарств. После ухода доктора я начала взывать о. Пио. Почти в полдень, собирая вещи в больницу, я услышала, как моя дочь зовёт меня из своей комнаты. `Мама, у меня уже нет вавы!` `Куда она подевалась?` - спросила я в изумлении. Вот что малышка ответила: `Пришёл о. Пио и вавки на своих руках положил на мою ваву`. На теле дочери, действительно, не было никаих следов ожога.

Крестьяне из Сан Джованни Ротондо с удовольствием рассказывают следующий случай. Дело было весной. Цвели миндальные деревья, обещая хороший урожай. К сожалению, появились гусеницы, которые пожирали листья и цветы. Они не щадили даже бутоны. Два дня крестьяне пытались бороться с бедствием. Но потом решили обратиться к о. Пио, потому что для многих из них миндаль был единственным источником доходов. Отец Пио взглянул на деревья из окна Монастыря и решил поблагословить их. Он помолился и на расстоянии перекрестил их и окропил святой водой. Через день гусеницы исчезли, но миндальные деревья, жертвы бедствия, представляли собой печальное зрелище: урожай был полностью потерян. Потом случилось невероятное! Крестьяне собрали самый большой в своей истории урожай! Но как это возможно, чтобы деревья без цветов принесли плоды? Как на миндальных деревьях, которые выглядели словно воткнутые в землю палки, мог созреть миндаль? Учёные не смогли объяснить этот феномен.

В саду Монастыря росли кипарисы, фруктовые деревья и несколько сосен. Особенно в летние вечера о. Пио имел обыкновениe проводить время с друзьями и некоторыми гостями в тени деревьев, чтобы отдохнуть от жары. Однажды, когда о. Пио беседовал с людьми, птицы неожиданно начали громко щебетать, петь и выводить трели. Щеглы, дрозды, воробьи и разные насекомые устроили настоящий концерт. Через некоторое время о. Пио решил прервать эту симфонию, поскольку было трудно говорить. Он поднёс глаза к небу и, приложив палец к губам, произнёс тихо: «А теперь тишина!» В тот же момент птицы, сверчки и цикады совершенно затихли. Все присутствующие были глубоко тронуты. Отец Пио, как св. Франциск, разговаривал с птицами.

Рассказ одного господина. «Моя мать, которая была из Фоджии, стала одной из первых духовных дочерей о. Пио. При встречах с ним она никогда не забывала просить о молитве за обращение моего отца. В апреле 1945 г. моего отца должны были расстрелять. Он стоял перед отрядом, как вдруг увидел о. Пио, который поднял руки в знак своей защиты. Командир дал приказ стрелять. Но винтовки не выстрелили. Семеро членов отряда и их командир были удивлены, проверили винтовки, но не нашли никаих причин. Была совершена вторая попытка, но и второй раз винтовки не сработали. Этот таинственный и необъяснимый факт заставил командира прервать расстрел. Впоследствие отец, как инвалид войны, неоднакратно награждённый за военные заслуги, был реабилитирован. С войны он вернулся верующим католиком и поехал благодарить о. Пио и причаститься у него. Так моя мать была вознаграждена за её молитвы и просьбы о обращении отца».

Рассказ о. Онорато. «Я приехал в Сан Джованни Ротондо с моим другом на мотоцикле. Мы прибыли почти в полдень. После того, как мы поприветствовали предстоятеля Монастыря, мы пошли поцеловать руку отцу Пио. Нужно заметить, что модель моего мотоцикла называлась «оса». Отец Пио сказал мне, хитро подмигивая: `Тебя укусила оса?` Я был весьма удивлён, поскольку он не видел, как я достиг монастыря, но знал, каким видом транспорта я передвигаюсь. На следующее утро мы на моей «осе» отправились в небольшой городок Сан Микеле. Бензобак был почти пуст, и мы решили заполнить его в Монте Сан Анджело. Но там нас ожидало разочарование: все автозаправки были закрыты. Тогда мы решили возвратиться в Сан Джованни Ротондо, надеясь по дороге встретить кого-нибудь с бензином. Я беспокоился прежде всего о братьях из Монастыря, т. к. было бы нелюбезностью с моей стороны опоздать на ланч, к которому они нас ждали. Мы проехали несколько небольших садов, и без бензина  двигатель начал тарахтеть, после совсем прекратил работать. Мы проверили бак, он был пуст. Я печально сообщил другу, что осталось только 10 минут до начала ланча. Мы ничего не могли придумать, и мой друг начал нажимать педаль старта. Невероятно! Мотоцикл заработал. Мы немедленно помчались в Монастырь, даже не задумываясь, как мы едем. Когда мы прибыли на площадку перед Монастырём, мотоцикл снова заглох. Мы открыли бак, он по-прежнему был пуст. Ещё одна загадка – оставалось 5 минут до ланча. Получается, что мы проехали 15 километров за 5 минут, в среднем 180 км в час. Без бензина! Мы вошли в Монастырь в тот момент, когда братья садились завтракать. Отец Пио, увидев меня, улыбнулся».

Это произошло в мае 1925 г. Как-то раз там появилась молодая женщина с чемоданом. Она ждала своей очереди на исповедь. Когда предстала перед исповедником, открыла чемодан и зарыдала. В нём лежал примерно шестимесячный мёртвый ребёнок. Мария, так звали женщину, на поезде приехала к о. Пио, потому что врачи не давали никаих надежд её тяжело больному ребёнку. Она слышала о стигматике из Гаргано, творящем чудеса и возвращающем людям надежду. Её надежда сгасла, но вера оставалась сильной. И когда в поезде её ребёнок умер, она в отчаянии продолжала свой путь, спрятав тельце в чемодан. Даже если и вложила бы туда ещё живого ребёнка, он и так бы умер от удушья. Т. е. отцу Пио она наверняка показала ребёнка, который был мёртв уже 24 часа. В Церкви наступила напряжённая тишина. Отец Пио, не обращая внимание на отчаянные крики Марии, осторожно поднёс ладонями закостенелое тельце и неподвижно молился несколько минут. Потом отдал ребёнка матери и сурово сказал: «Что ты так раскричалась? Не видишь, твой ребёнок спит». Мария затихла и заметила, что дитя спокойно дышит. Церковь наполнилась овациями. Все вокруг говорили о чуде.

Рассказ человека из Асколи Пичено. «В конце 50-х годов мы с женой поехали в Сан Джованни Ротондо на исповедь к о. Пио. После получения строгих советов и епитимиии вечером я всё ещё был в Монастыре. Отец Пио, увидев меня, спросил: `Ты всё ещё здесь?` Я, огорчённый, ответил, что моя «мышка» не заводится. `Что это за «мышка»?` - спросил отец. Я объяснил ему, что это небольшая модель автомобиля, Фиат 570. `Пойдём, посмотрим`, - сказал о. Пио. Когда мы пришли к машине, он сказал, чтобы я попробовал осторожно завести её. В результате мы ездили всю ночь до утра. Позже я завёз машину к механику на просмотр. Механик сказал, что электропроводка машины была испорчена, и не хотел верить, что в таком состоянии машина проехала 400 км из Сан Джованни Ротондо до Асколи Пичено. Я в изумлении мысленно благодарил о. Пио за это чудо».

Не было необходимости повторять отцу Пио несколько раз один и тот же вопрос, даже мысленно. Муж одной доброй женщины был тяжело болен. Онa поспешила в Монастырь. Но как встретиться с о. Пио? Чтобы исповедаться, нужно было ждать по крайней мере три дня. Во время Мессы обеспокоенная женщина металась по Церкви, ходила от одной стены к другой, пока не обратилась, наконец, с плачем к Матери Божьей Милостивой, одновременно прося помощи о. Пио. И вот пришёл момент встречи с о. Пио. Увидев женщину, он сказал: «Женщина малой веры! Когда ты наконец перестанешь морочить мне голову и забивать уши? По-твоему, я глухой? Ты уже пять раз сказала мне обо всём – и справа и слева, и при алтаре и под хорами. Я понял, понял... Возвращайся быстрее домой. Всё будет хорошо». Действительно, её муж поправился.