Во время Второй Мировой войны в Бари находилась штаб-квартира главнокомандующего Воздушных сил США. Считается, что многие офицеры были спасены о. Пио во время воздушных операций. Генерал штаба был героем одного удивительного эпизода. Как-то раз он возглавлял эскадрон истребителей во время операции по уничтожению немецких складов оружия, которые были расположены недалеко от Сан Джованни Ротондо. Генерал рассказывал, что когда самолёты были у цели, он и его подчинённые увидели в небе монаха с поднятыми руками. Бомбы сбросились автоматически и упали далеко в лесу, а самолёты полностью изменили курс без участия пилотов. Всех мучил вопрос, кем был тот монах, которому повинуются самолёты. Кто-то сказал генералу, что в Сан Джованни Ротондо живёт монах, который творит чудеса, и он решил, что после освобождения Италии поищет этого монаха, чтобы проверить, его ли они видели в небе. После войны генерал и несколько офицеров приехали в Монастырь. В ризнице среди нескольких монахов генерал сразу же узнал того, кто вмешался в их воздушную операцию. Это был о. Пио. Он подошёл к генералу и сказал, положив ему руку на плечо: «Значит это ты хотел нас всех `убрать`?» Поражённый взглядом и словами о. Пио, генерал встал перед ним на колени. Отец Пио, как обычно, говорил на беневентанском диалекте, но генерал был убеждён, что монах говорил по-английски. Они остались друзьями, а генерал сменил конфессию и стал католиком.

Вот история, рассказанная отцом Асканио: «Мы ждали о. Пио, который должен был прийти исповедовать. Ризница была переполнена, и каждый смотрел на двери. Двери были зaкрыты. Но вдруг я увидел о. Пио, который шёл над головами людей и достиг конфессионала. Потом исчез. Через несколько минут началась исповедь. Я молчал, думая о том, что увидел. Но когда я встретился с о. Пио, не удержался от вопроса: «Отче Пио, скажите, как это – ходить над головами людей?» Ответ был забавный: «Уверяю тебя, мой сын, точно так же, как по полу...».